Linux/Mac 系统 R 包安装失败怎么办？
R 语言好用的地方之一在于有很多包帮我们把复杂问题都实现了，使用时只需要一个函数就可以完成大量计算工作。但也存在一个问题，包的依赖很多，依赖很多其它包，依赖很多底层工具。因此在 Linux/Mac 等系统安装时常常会出现少了一些头文件(*.h) 或库文件而报错(*.so), 如下面的报错;
>install.packages("ragg")将程序包安装入‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’(因为‘lib’没有被指定)还安装相依关系‘textshaping’试开URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/textshaping_0.3.6.tar.gzContenttypeapplication/x-gziplength35722bytes(34KB)==================================================downloaded34KB试开URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/ragg_1.2.2.tar.gzContenttypeapplication/x-gziplength424677bytes(414KB)==================================================downloaded414KB*installing*source*package‘textshaping’...**成功将‘textshaping’程序包解包并MD5和检查**usingstagedinstallationPackageharfbuzzwasnotfoundinthepkg-configsearchpath.Perhapsyoushouldaddthedirectorycontaining`harfbuzz.pctothePKG_CONFIG_PATHenvironmentvariableNopackageharfbuzzfoundPackagefribidiwasnotfoundinthepkg-configsearchpath.Perhapsyoushouldaddthedirectorycontaining`fribidi.pctothePKG_CONFIG_PATHenvironmentvariableNopackagefribidifoundUsingPKG_CFLAGS=UsingPKG_LIBS=-lfreetype-lharfbuzz-lfribidi-lpng---------------------------[ANTICONF]--------------------------------Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing:*deb:libharfbuzz-devlibfribidi-dev(Debian,Ubuntu,etc)*rpm:harfbuzz-develfribidi-devel(Fedora,EPEL)*csw:libharfbuzz_devlibfribidi_dev(Solaris)*brew:harfbuzzfribidi(OSX)Ifharfbuzzfreetype2fribidiisalreadyinstalled,checkthatpkg-configisinyourPATHandPKG_CONFIG_PATHcontainsaharfbuzzfreetype2fribidi.pcfile.Ifpkg-configis unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:RCMDINSTALL--configure-vars=INCLUDE_DIR=...LIB_DIR=...--------------------------[ERRORMESSAGE]---------------------------:1:10:fatal error: hb-ft.h:没有那个文件或目录compilationterminated.--------------------------------------------------------------------ERROR:configurationfailedforpackage‘textshaping’*removing‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/textshaping’Warning in install.packages :安装程序包‘textshaping’时退出狀態的值不是0ERROR:dependency‘textshaping’isnotavailableforpackage‘ragg’*removing‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/ragg’Warning in install.packages :安装程序包‘ragg’时退出狀態的值不是0下载的程序包在‘/tmp/Rtmp3ipD9t/downloaded_packages’里
在ERROR MESSAGE部分，R 给我们的提示还是很清楚的：fatal error: hb-ft.h: 没有那个文件或目录缺少这个头文件 (.h 代表 header file)。
在ANTICONF部分，R 贴心的给出了不同系统下哪些软件包包含这个头文件
Try install 看这里，简单的文字，应该都能看明白Configuration failed to find the harfbuzz freetype2 fribidi library. Try installing:deb（后面也备注了 Ubuntu 等），怎么安装呢？apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev*deb:libharfbuzz-devlibfribidi-dev(Debian,Ubuntu,etc)rpm (centos，febroa)，怎么安装呢？yum install harfbuzz-devel fribidi-devel*rpm:harfbuzz-develfribidi-devel(Fedora,EPEL)*csw:libharfbuzz_devlibfribidi_dev(Solaris)mac 怎么安装呢 brew install harfbuzz fribidi*brew:harfbuzzfribidi(OSX)
根据上面的提示，你就知道不同的系统怎么进行安装了。
确定自己的操作系统的版本
运行lsb_release -a获得输出如下，知道操作系统是centos
运行的命令$lsb_release-a输出，Distributor ID:CentOSRelease:8.4.2105Codename:n/a
根用户下安装
确定了操作系统，拷贝粘贴对应的安装命令。注意：
需要有根用户 (root) 权限这个命令是在 terminal 下运行的yuminstall harfbuzz-devel fribidi-devel
常见错误 1： 在 R 中安装 （注意看开头的>, 这是 R 中运行代码的标识）
>install.packages("deb: libharfbuzz-dev libfribidi-dev")
解析：缺失的软件不是 R 包，而是 Linux 系统中的包，当做 R 包去安装时不对的。
常见错误 2： 还是在 R 中安装（注意看开头的>, 这是 R 中运行代码的标识）
> yum install harfbuzz-devel fribidi-devel
错误：unexpected symbol 在"yum install"里
解析: yum 是 centos、fedora 下的包管理器，应该在终端 (terminal) 下运行。
常见错误 3：用错了包安装工具 （注意看开头 （不算开头，输入的命令前面的标识）的$, 这是 Linux 终端中运行代码的标识）
ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ yum install harfbuzz-devel fribidi-devel
找不到命令"yum"，您的意思是：
.....
解析：判断错了操作系统的版本，这个系统是 ubuntu，没有 yum，应该用 apt-get
常见错误 4：没有权限 （注意看开头 （不算开头，输入的命令前面的标识）的$, 这是 Linux 终端中运行代码的标识）
ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ apt-getinstall libharfbuzz-dev libfribidi-dev
E: 无法打开锁文件 /var/lib/dpkg/lock-frontend -open(13: 权限不够)
E: 无法获取 dpkg 前端锁....，请看您是否正以 root 用户运行？
解析：应该用 sudo 或切换为 root 用户运行。正确写法如下 （注意看开头 （不算开头，输入的命令前面的标识）的, 这是 Linux 终端中root 用户运行代码的标识）：
前提是你得用户有 root 权限会要求你输入密码密码输入进去屏幕不显示，放心大胆的输入就行ysx@PowerEdge-R740:~/transcriptome $ sudo apt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev
或者注意@ 前面的用户名为 root注意$变成了root@PowerEdge-R740:~/transcriptomeapt-get install libharfbuzz-dev libfribidi-dev
问题又出来了
一段时间后（取决于网速，可能几分钟），安装好了，继续回到 R 里面，再次安装 R 包 （注意看开头的>, 这是 R 中运行代码的标识）
> install.packages("ragg")
将程序包安装入‘/home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’
(因为‘lib’没有被指定)
还安装相依关系‘textshaping’
试开URL’https://cloud.r-project.org/src/contrib/textshaping_0.3.6.tar.gz....
....
-----------------------------[ ANTICONF ]-------------------------------
Configuration failed to find one of freetype2 libpng libtiff-4.Try installing:
* deb: libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: freetype-devel libpng-devel libtiff-devel libjpeg-turbo-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw:libfreetype_dev libpng16_dev libtiff_devlibjpeg_dev(Solaris)
If freetype2 libpng libtiff-4isalready installed, check that pkg-configisinyour
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a freetype2 libpng libtiff-4.pc file. If pkg-configisunavailable you cansetINCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars=INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...
不是前面的解决无效，大家要仔细看，这次除了新的错误，提示还缺少其它的文件，并依旧给出了如何进行安装，ANTICONF部分。
根据提示，再来一次操作：
注意@ 前面的用户名为 root注意$变成了root@PowerEdge-R740:~/transcriptomeapt-get install libfreetype6-dev libpng-dev libtiff5-dev libjpeg-dev
一段时间后（取决于网速，可能几分钟），安装好了，继续回到 R 里面，再次安装 R 包 （注意看开头的>, 这是 R 中运行代码的标识）
>install.packages("ragg")
将程序包安装入‘ /home/ysx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2’
...DONE(ragg)
这次比较幸运，直接安装成功了，有时还需要再来一遍或着多变，缺什么装什么。
如果只提示缺少 .h 或 .so 未给提供怎么安装怎么办？
也有的时候，软件没这么智能，就孤零零的告诉你：
<stdin>:1:10:fatalerror:hb-ft.h: 没有那个文件或目录compilationterminated.
怎么知道哪个软件包里面有hb-ft.h呢？
CentOS 下运行这个命令, 输出harfbuzz-devel里面包含hb-ft.h:
root@PowerEdge-R740:~/transcriptomeyum provides "*/hb-ft.h"harfbuzz-devel-1.7.5-3.el8.x86_64 : Development filesforharfbuzz
仓库 ：@System
匹配来源：
文件名 ：/usr/include/harfbuzz/hb-ft.h.so 也一样root@PowerEdge-R740:~/transcriptomeyum provides "*/hb-ft.so"
继续安装
root@PowerEdge-R740:~/transcriptomeyum install harfbuzz-devel
Ubuntu 下可以试试apt-file search hb-ft.h